2006年9月24日(日)
gnuplot で等高線
gnuplot には等高線を引くオプション contour がある。 でもこれは splot と一緒に使うので等高線だけ描くにはちょっと不便。 一応、 unset surf して set view 0,0 すれば類似のものは描けるんだが、図がちっちゃくなっちゃうんだよね。 ってんで無理矢理大きくする方法を考えた。 PostScript なんだから絵にしてからいじるっていう手が使えるはず。 tran
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2006年9月8日(金)
動画作成2
動画作成の件、よく考えたらフレームレートのことを失念していた。 元絵は、1秒置きのスナップショットなのでフレームレート1。で、これを誰に渡したものかしばらく悩んだ。 DX は描画の際にフレームレートを指定できる。しかしこれが MIFF ファイルに含まれているとも思えない。 Imagemagick は実際には mpeg2encode を叩いている。こいつになにかオプションでもあるのだろうかとしばらく
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2006年8月30日(水)
デジタルノート
日立製作所は8月30日、研究開発活動のアイデアや実験データなどを記録するためのデジタルノート向け技術を発表した。 電子化したデータには、電子署名を付加する。ノートに記入するたびに電子署名を付加するため、ノート上の筆跡履歴も安全に保存できる。日立では「改ざん防止の効果もあわせ持つ」としている。 日立、デジタルノート技術を開発--デジタルペンと電子署名を組み合わせ - CNET Japan あー
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2006年8月23日(水)
動画作成
ちょっと仕事で動画ファイルを作る必要ができた。 これは使えるかも…、と見つけたのは結局 OpenDX……orz。 色々苦労の挙げ句、テンプレート生成されたプログラムでアニメーションは作成できたが、出力フォーマットは何故か MIFFとかいうどマイナーなもの……orz。 必殺の ImageMagick でコンバートできるかと思いきや mpeg2encode というコマンドが必要と云われる……orz。
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2006年8月15日(火)
OpenDX 4
…………やっぱり OpenDX のドキュメントは糞すぎる。 リファレンスマニュアルだけあったってアルファベット順に盲目的にただ並んでるだけだし、ユーザーマニュアルは GUI の説明だけだし。典型的な「書いてあることしかできない」ドキュメント。 プログラミングマニュアルの部分が抜けてるのかな こういう本でも買わないと駄目か… OpenDX Paths to Visualization
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OpenDX 3
OpenDX によるデータ描画のまとめ 参考： http://opendx.npaci.edu/docs/html/pages/qikgu027.htm
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2006年8月14日(月)
OpenDX 2
最初ユーザーガイドを読んでいたんだが、その後クイックスタートガイドに戻ってきたオレサマ クイックスタートガイドの25ページ目まで読み進み、やっとデータの読み込ませかたが判った。 26ページの例も見れば、こういうフォーマットのデータでも読ませられることが判って、ならば出力で悩まなくていいなと判ったのは大きく前進。 以下からサンプルを取得。 debian ではサンプルはパッケージになってないのかな h
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2006年8月12日(土)
OpenDX
もう1週間以上前からドキュメント読んでいるんだが、どうも格調高く書こうと頑張ってるのか、抽象的な記述ばかりがいつまでも続き、2行読む内に眠くなる始末。 いいからさっさと使い方を書けと。 そして、いつまで経っても絵の描けない俺がいる…
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2006年6月17日(土)
実験ノートと記録
ちょっと前にやってた作業の、実作業時間がどれくらいかしりたくなったんだが、思ったより記録が残っていなくてちょっと驚いた。 一つは svn の commit log があるわけだが、これは作業が片付いてから commit するたぐいのものだから、いつ commit したかの記録は残っていてもいつから作業した分の commit かという記録は残ってない。 実験ノートはと云えば、この頃つけてたノートは、
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2006年6月14日(水)
BLAS (終)
BLAS による enhancement の件、 scal (スカラー倍)なんて便利なのを使うのを忘れていたので、これも投入 さらに、 Intel MKL には r=a/b なんて要素ごとに計算をするサービス関数があったので (VML) これも利用。で、乗算はないの？ 結果(計算時間/分) VC++Intelgcc orig61015 +scal334 +VML32 なるほど、こいつが一番時
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2006年6月7日(水)
BLAS + Intel Compiler
Intel から MathKernelLibirary を評価版で download してきて、こいつを使って、 windows でも高速化が得られるか調べていたんだが、どうにも全然駄目…。 VC++, Intel C++の組み合わせに、 BLAS あり/なし、さらには、計算のコアだけ取り出したものと実行ファイル作りまくって調べてみると、一番早いのは VC++ BLASなし、しかし GUI つき
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2006年5月19日(金)
BLAS
現実逃避に、あるコードを BLAS を使うように書き換えて遊んでたら 80% 以上も高速化した。 まぁ、元のコードがあまりに教科書的な書き方でもともと遅かったとかいうのもあるし、たぶん余計メモリ喰うようになったので系の規模によってはあんまり速くなってないかもしれんのだが。 と云っても、ベクトルの copy と axpy しか使ってない。 もうちょっと遊べる API があってもいいのに…。要素積ババ
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2006年5月10日(水)
Intel compiler 9.1
Intel C+ Compiler for windows を visual studio と組み合わせて使おうとした場合に、何故か普段使いのユーザでだけは、プロパティを出すと暴走する件、結局時間が解決した。 9.1 が出ていたので入れかえる際に、 visual studio への IDE integration も version up したら暴走しなくなった。なんだかな……。 最適化の効き、変
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2006年5月4日(木)
bug fix
最近、ちょっとドクターの学生だった時に使ってたコードを引っ張り出して使ってたんだが、今更、bug踏んだorz 5、6年ぶりにコードの中みたら、かなり多機能にできててすっげー構造が読み難いでやんの。 それでもなんとか原因は見つけたが…。これは bug かなぁ？整数化して計算していたある値を、整数の積で割って実数に戻すところで小数点以下が落ちてたのが原因なんだが、当時やってた計算のパラメータだと割られ
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2006年2月18日(土)
実験ノート4
ここの人が買ったのは、コピーするとすかしが浮き出るらしい。ちょっと凝ってる。 研究室日記 Tomorrow is another day. : Laboratory Notebook これこれ。和光で使ってたのもこういう経理用のだった。 ポケコンも凄く懐しい。まだ使いたい気分はあるんだが、もう電池がないだろ…。 palm にも basic インタプリタくらいならないでもないんだが、かなり気分が違う
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2006年2月9日(木)
実験ノート3
実験ノートと実験室ノートは分けるべきだろうか…。 実験室ノートは、どんな雑多なことでもシーケンシャルにロギングしているところに意味がある。だからそれを、研究の進展状況の記録・証拠としての実験ノートとしても利用可能なようではある。 あるけれど、実験ノートの方は、もっと洗練された記述を求めているような気もする…。 しかし、2冊行ったり来たりして書いてると同じこと2回書かなきゃならなかったりして面倒そう
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2006年1月29日(日)
実験ノート2
大学ではとくに、実験ノートやレポートの書き方なんて教えない。教えるにしても一般論というか他人が読んでも判るように書かないといかんのだよの類の指導しかしない。で、書かせてみて駄目だと reject する。 学生の間は、後から見返すというイベントがほとんど発生しないので、何を記入しておくべきだったか、というフィードバックが働かない。で、学生実験なんかだとノートの提出があったりして、「優秀」な学生さんな
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実験ログノート
ぐぐってみると、日本じゃラボノートと云う言い方が一般的らしい わしもつくばにいた時に、実験室で使う用のをパチってきて、計算のアルゴリズムをあーでもないこーでもない弄ってるのを書き留めるのに使ったが、金がかかってたものだったのか、かなり書き易かった。 問題は、重いこと。不幸にも記述が2冊に跨ちゃって、海外に実験に行くんで2冊カバンに詰めたりするとそれだけでかなりつらいことになる、ってんで忌避されたり
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2005年7月22日(金)
擬似科学
教育現場も侵蝕する擬似科学…。 参考：あなたは「水」に答えを求めますか
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2005年7月13日(水)
ないないpython
python には do-while 型のループがない……。 while ((ans = foo()) != ""): 的な記述もできない……。 ぐんにょりする。 頑張って python でプログラム書こうとするんだけど、疲労がたまるのは何故。
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2005年7月12日(火)
matplotlib
やむをえず matplotlib をインストールすることにする。 debian 様では未にパッケージ化されてないので、しょうがなく野良 build する。 Debian 様はもったいなくも、いやしい我々のことに御心を砕いてくだされているので、不要なファイルは極力紛れ込まないようになっているのでインクルードファイルなんて通常インストールされないんですな……。 お陰様で build がコケる度に足りな
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2005年7月8日(金)
実数の限界
python で、何気なく exp(3000) とか書いていて、 overflow していて悩む。 exp(709) が 10^307 のオーダーで、これを超えると python の実数が double の精度しかないので溢れるという。 え〜、別に天文学的に困難な計算をやろうってんじゃ無くて、単に micro sec なところに指数関数で fit かけたいだけだったんですが・・・ python は
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2005年4月19日(火)
applescript 続き
ファイルコピーを shell コマンドじゃなくて duplicate file でやろうとしたとたんにハマる。 何故エラーになるのかも分かりにくいが、さらに、データの型も分かりにくい。 型宣言のない言語の癖に、型のキャスト多すぎ。どの API がどの型で返して、どの API はどの型で受け取るのか判らなすぎ 自然言語風に記述させようと構文も妙に自由だし、嫌いな理由が perl と共通している。
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2005年4月18日(月)
applescript アプリ
なんでか applescript で機能の小さなアプリを作ることに。 例によって applescript の資料なんて持ってないので web を参考に。文法と API リファレンスくらい欲しい。 まず、何で書くのかというところから調べて、結局 ProjectBuilder で作ることに。この OSX 10.2 の開発環境を今になっても使ってるとはなんとも……
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2005年3月2日(水)
ここしばらくハマっていたこと
ここしばらくハマっていたこと - フォームに書かせたのを php で受けると、ページのコーディングシステムが iso2022-jp だと「日本語」が「日本楔?(B」と表示される（jisのエスケープを正しく解釈できてない?）。何故か euc なら大丈夫だった。 - mbstring.language を明示的に有効にすること（mb_ 系関数がちゃんと動かない）。 ~ つーか、 php.ini にコメ
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2005年2月22日(火)
遮光カーテン
所内で研究会。で、会場係だったんだが、天窓（？）のある部屋で、ちゃんとスクリーンもブラインドも電動のが備え付けなのに、そのブラインドが普通のやつで上げ下ろしの紐を通す穴を通してスクリーンに日光が当たる罠。 結局屋上に上がって、窓の外から邪魔になる部分に影を落とすように紙を貼って回る。 なんかこう、電動ブラインドの外に暗幕でも張ろうかという感じ。
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2005年2月21日(月)
CVSREADONLYFS
cvs の -R が非標準だということにハマる FreeBSD の cvs はちゃんと実装してあるようだが、 MacOSX の CVS は、リポジトリのロックファイルは回避しているものの CVSROOT/history を忘れていて、 update は readonly でできるが checkout ができない。むいーみ。 cvs の 1.11.5 から 1.12.1 が生えるところで取り込まれた
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2005年2月19日(土)
テーブル管理
php で DB アプリ（？）の様なものを作っていて、 php のコードは cvs で管理していてそれはいいんだが、 DB 上のテーブルの定義はどうしたものか。 テーブルがこう変わってコードもこう変わった、とセットにしておきたい気がするのだが……。
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2005年2月10日(木)
wiki 静的ミラー
某 go.jp が、セキュリティポリシーを厳しくしたとかで、うちの intra で立ち上げてた wiki に、 VPN 経由ですらアクセスできなくなったんだが俺はどうしたらいいね？とか相談される。 正しいソリューションは、俺が DMZ にwiki 用のサーバを立てることだが、立場的にいまいちそそらない。むしろ職場の web space 上にアカウントがあって、今までまったく使っていなかったのを思い
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2005年2月3日(木)
web日記
今年は世界物理年です。 素粒子物理学の分野でも世界各地の物理学者がウェブ日記を公開する試み、「Quantum Diaries」を始めました。 KEK:トピックス（ウェブ日記） うーむ、わざわざ名前をつけるほどのものだったのかとか、「ウェブ日記の公開」如きが「試み」るものだったのかとか、公開しないウェブ日記ってなによとか突っ込みどころに迷う。 でも、英語で書かされるのはご苦労様。 仕事の内容書かされ
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2005年1月25日(火)
セミナー
都内某所まで出かけてナントカ総研本社で、あるソフトのプレリリース発表会。 いつぞやのセミナーの比ではない背広組の圧力が……。受付で名前言おうとすると「名刺をください（にこ）」とかやられる。んなもんあるかとゴネてやろうかと思ったが遅刻ぎりぎりで時間なかったのでやめた。挑発用に平仮名・手書きフォントの名刺でもつくっとこかな。 初めて東京に出てきたころは、あの小汚さが気に入らなかったが、さすがに最近は汚
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2004年12月3日(金)
IBMセミナー
なぜかIBMのセミナーに出席することに。 行く前は、「どうせスーツ来た大人ばかりなんだろな」とか考えていたんだが、言ってみるとどうも違和感が…。確かにジャケットが３人いた他は全員スーツだったが…。どうもカタギとも思えない雰囲気がかすかに…。普段から来てるにしちゃ奇麗すぎるような。歳も微妙に若めだし。その辺の研究機関の連中だったんだろうか（だったら今度は、なんだってスーツなんか着ていたんだという疑
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2004年11月20日(土)
ベンチマーク
ちょっと、ある粒子輸送プログラムを使ってベンチマークを取ってみたんだが、この結果は何よ…。 results は計算時間なので数字が少ない方が計算機は速い。 CPUclock/GHzcompilercompiler versionoptimizeresults1/sresults2/sresults3/sOpteron1.4g773.2.2-O465883/14582Pentium III0.8if
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2004年11月16日(火)
cernlib
google が拾ってなさそうだったのでなんとなくリンクを張ってみる
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2004年10月15日(金)
OpenMP
某所の AIX で動かすコードを、 OpenMP で並列化して計算時間を稼ごうと思っているんだが、ちっともうまく行かん。 並列動作はするんだが、最奥部の foo[bar] += baz を排他的に扱いたいのに omp critical がちっとも効かない。 他の部分で問題があるのか、コンパイラが糞なだけか、かなり悩む。
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2004年9月14日(火)
CC == cc (@HFS+)
MacOSX の HFS+ は case insensitive である これには何度もハメられているのだが、たとえば xlc というファイルがあったとして、こいつは xlc としても xlC としてもオープンできてしまう。さすがに IBM は賢いもので、実行されてから argv[0] を見返して、実行されたとき xlc として実行されたのかそれとも xlC として実行されたのかを判別して挙動を
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2004年9月2日(木)
gfarm
openldap を 2.1 に downgrade して gfarm の設定再挑戦 firewall に穴をあけるところで少し詰まったものの、割とすんなりできた で、 gfarm: の filespace にファイルが見えて、それが各ファイルシステムノードの /var/spool/gfarm に普通に見えていて面白い。 /afs/ 上にインストールしたので身の回りのマシンのどれからも見える。 共
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2004年7月6日(火)
globus
globus の GSI 認証でも利用できるようにしておこうかと昨日からインストールしていたのだが， FreeBSD だの MacOSX だのいうマイナーな OS では全然素直にいかんでやんの FreeBSD では libiconv が /usr/local にあるのだが、その所為で iconv.h を見つけない奴が続出。しかしインストール先の prefix は /usr/local ではなかった
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2004年7月5日(月)
Ken Thompson 最大の不覚
ちと gfarm というデータグリッドを FreeBSD/MacOSX 環境にインストールしようとして SYS_creat なんてのに立ちはだかれてしまってしばらく悩む。 creat system call は open(2) でいいじゃん、ってことで obsolete なんだが、なまじ NetBSD あたりだと compat43 当たりに存在していてくれて，何故かこいつは動作環境が Linux/
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2004年6月6日(日)
学会登録
今の職場に居る間に，一回くらいは発表しに行かんとなということで登録する。 つーか、先週メールで締め切りだぞオラ、と来てくれたおかげで思い出したんだが。 web から登録できたので、なんとか締め切り日の今日登録完了。 実は募集要項の載った４月号を、職場で机を移動した時にさっさと捨ててしまっていて、しょうがないので深夜図書館に侵入して、コピーして来たと云うのは秘密だ。
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2004年6月4日(金)
続密度測定
ってんで測定本番。 結局ホールピペットで口で吸うことに。妙に蒸気圧が高かったり、濡れがよくって壁面濡らしていたのが遅れて落ちて来たりとそんなに扱いやすくはなかったが、大事なデータは水に近い組成の方だったので、まぁつつがなくできたかな。 思ったより早く終わったので、ついでに最近やってたことで相談にもらってとりとめなく議論。
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2004年6月3日(木)
密度測定
所用で出身大学に帰っていたり。 なにせ住んでるのが公共交通網的僻地のつくば某所なもので、日帰りは不可能なので泊まっていたり。つーか一泊のつもりでこの日とこの日と伝えたら、二泊取ってくれたらしい。学内の施設なので一泊１３００円ちょっとという笑っちゃう値段だったり。 つーか、これからしようとしている解析に必要な密度データがないので、しょうがないので自分で測定ってことなんだが。はい、「密度データ如きがな
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2004年5月29日(土)
gnuplot の関数計算を信じちゃいけない訳
maxima 様は同じだって云ってくれるんだがなぁ View image
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2004年5月12日(水)
異文化交流
ある日、ある構造因子を計算する必要が出てきて、某 gaussian から出てきた座標を使ったれということで awk のスクリプトを書いた。なんでも awk で処理する俺。だって頭使わなくていいんだもの（ばき しばらくたって、別の人が構造解析するのに構造因子を生成してくれるパーツがあるといいんだがと言っていたのでこのスクリプトを渡してみた。 さらに後日、発覚した衝撃の事実がある。 件の彼は LabV
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2004年5月7日(金)
ノート
文具部屋から、実験屋がログブックに使ってるゴツいノートをガメてきた。 俺は実験屋じゃないんだが、最近プログラムの模索に入っていてそろそろ限界。 A から A', A'', A''', A'''' とあれこれ分岐させては動かしてみてやっぱ駄目だとかやっていて、 cvs 的に branch 切るんじゃやってらんないんでファイル名で区別するしかないんだが、それぞれ別個に進化しつつ差分を親に差し戻したかっ
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2004年4月29日(木)
gnuplot square eps
gnuplot で set size square して eps で出力しても、右側に空白領域ができるの、なんか邪魔な挙動だなぁ vi で開いて、冒頭の %%BoundingBox: 50 50 410 302 のところ、正方形になるように直して回避。 と思ったら、横に並べた時軸のラベルが重なる…。勘で少し横に広げる。
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2004年3月12日(金)
ifc8 on FreeBSD
Intel の Linux 用 Fortran compiler を FreeBSD で使おうとするとリンクでコケるという件。 Fortran compiler のライブラリ libifcore.a 中に undefined な関数があるのが問題であった。 この関数は for_pause.o の中で使われている IO_putc および IO_getc で、 Linux ではこれが libc 中に存
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2004年3月4日(木)
intel compiler
Intel の FORTRAN compiler のバージョンを８にあげたら、リンクの段階で libifcore.a の中の IO_putc が undefined だとなってこけるようになってしまった…。 なんだ？この挙動は 一方 C のコンパイラの方も、 ifc と競合しなくなっているようなのでインストールしてみる。 しかし相変わらず Intel のサイトは反応鈍いし使いにくいな。パスワードが
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2004年2月19日(木)
maxima 凄い
±∞の積分を解いて、ちゃんと関数形で答えを出すんだ…。 いや、この手のアプリケーションとしては当然の機能なのかもしれないがえらく感動した。おかげで本業の方でちょっと前進。 しかし、±∞の定積分じゃなく不定積分をやろうとして二日間悩んでいたというのは秘密だ（笑） 散々悩んだ後だったので、こんなのできるんだろうかとどきどきしながら計算させたら少し考え込んだ後で、「この s って正なのか？それとも負か？
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2004年2月17日(火)
maxima
ちょっと妙なことを考えていて、指数関数を二つかけ合わせて積分しようとする。 不定積分は大学受験の時にやったなぁと思いながら手でやっていたんだが、なんだかごちゃごちゃと長くなって途中で投げ出す。どうせ検証しようがなければしょうがないので maxima に積分させてみる。 で、 maxima は去年 build したおりに自分の環境にもインストールしていたんだが…。 解決しておいたはずの WinIn
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2004年2月6日(金)
lam/mpi under FreeBSD
FreeBSD box もいよいよ nat の外に出てきて準備も整ったので lam/mpi で並列計算の環境構築。 かつて試みた時は、この FreeBSD box を universe に組み込もうとした時だけは並列計算ができなかった。 こんどは全員 global address で互いに参照しあえるので問題ないかと思ったらまたもや FreeBSD box だけは slave を kick できて
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2004年1月14日(水)
国際会議二日目
へろへろでだるだるだ。 なんかもう聴いちゃいない。座ってただけ。 英語って聞こえてくると意味を取ろうと神経を集中させるのかえらく疲労するな。
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2004年1月5日(月)
最小点探索
例によって gsl だが、１変数の minimization をやらせてみたら、これが探索範囲の上限下限の他に候補値を入れてやらないといけない。 ところがこれが、たとえば上限下限が a, b で候補値が c とすると、 f(c) が f(a), f(b) の両方より小さくないと気に入らないようで困る。たとえば最小値がレンジの中には確かにあるんだがレンジ境界ギリギリにあったりすると、何も考えずに候補
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2003年12月25日(木)
最小二乗 by gsl on C++
gsl の最小二乗のサンプルコードを C++ で wrap してみる。 C の癖に微妙にオブジェクト志向くさい感じがあちこちにあって、その癖 C++ とはあんまり擦り合わせがうまくいかんなみたいな。 関数ポインタを構造体に喰わせないといけないんだがどうしたものか。 gsl は C のライブラリなので構造体の側では int (*) ということになっている。一方 C++ の都合では関数ポインタはクラス
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2003年12月23日(火)
最小二乗 by gsl
プログラムの中から最小二乗 fit のライブラリを使いたくてちょっと調べる。 モンテカルロ的に状況を変えながら最小二乗で得られた値を指標に使おうと思っているのでインタラクティブなの操作がいるものは没。 Mathematica は使ったことがないので没（笑）。 折角なので gsl でやろうかと思うと、これがあきれるほど面倒で参ってしまう。 汎用的なデザイン、というつもりなのかもしれないが、実質的に利
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2003年12月20日(土)
実験
今年２度目の実験。 室温測定でオートサンプルチェンジャーがあると放置して帰れるので断然楽だな。
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2003年12月18日(木)
swig
swig 実にいい感じだ。 python を console に使ってインタラクティブにあーでもないこーでもないできる。 C++ で UI 書く気にならんし、かといって条件変えるだけで実行し直したりコンパイルし直したりしてるとなんとも焦れったいものだが、これはいい。一通り計算して結果を見てから、さらに for で回すかとかパラメータ変えてみるかとかなんでもできる。 ここまでくるとファイル出力してグ
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shared library ?
仕事の方で C++ でコードを書いている。 C++ のクラスの中で機能を実装していくのは楽しいんだが、いざそのコードを使ってちょろっと計算しようという時 main() を書き換えてはコンパイルし直しというのがだんだん面倒になって来た。 同僚が SWIG というのを使っていたので、これを使えば実装は C++ でがりがり書いて、メインの方は python あたりをコンソールにして、インタラクティブにあ
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2003年12月11日(木)
某学会
某中小学会に出かける。ポスターがメインで、割と完成度の低いものでも「最近はこんなんやってるよ」という証明のために出るようなところで、酷いのになると会議資料で見たものがそのまま貼ってあったり。これなら俺も適当なのをでっち上げとけば良かったか。 それにしても、学生が結構多くて驚く。思ったより会員いるなぁ。
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2003年11月6日(木)
lam-mpi
lam-mpi + ifc on FreeBSD で libc_r の中で死ぬ件だが、調べてみると libc_r をリンクしているのは並列実行されているバイナリじゃなくて lam 自身のバイナリだったりする。 で、問題を切り分けてみると lamfortran program g77g77ok ifcifcNG g77ifcNG ifcg77ok libc_r をリンクしていない Fortran p
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2003年10月21日(火)
LAM/MPI with ifc on FreeBSD
LAM/MPI 環境での並列計算、 FreeBSD box だけ MPI universe には組み込めても並列計算には参加参加させられなかった。こいつだけ private address なので、ネットワーク周りでしくじっているのかと思っていたが、いろいろ試すと１プロセスだけなら MPI 経由で実行できるが、複数プロセスにすると FreeBSD box 上だけに限定しても死ぬことが判る。幸いにも
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2003年10月15日(水)
lam/mpi
lam/mpi 環境の build はなんとかこなして、各ホストにセットアップした。 ここからが難行の始まりで、 mpi 環境が boot するまでしばらくハマる。 各ホストの mpi daemon を kick するのに rsh/ssh を使うのは許すとして、そしてこいつらは似たようなものだから一つのモジュールで扱うのも妥当として、どうして default が rsh でそれを ssh に置き換
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2003年10月14日(火)
lam on macosx
とりあえず、 XLF/XLC を使って LAM を野良 build。 一見 make は通るんだが、いざ install しようとすると何故かライブラリを作り損ねている罠。 これが libtool を経由していて、誰が阿呆で作り損ねているのかさっぱり判らない。 generate された libtool 自体がンポなんじゃないかいな？ ともかく autoconf ものは、何か問題があった時に追っかけ
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2003年10月12日(日)
LAM/MPI
ひょんなことで見つけた MPI の実装 わしは PVM の人だったんで MPI は使ったことなかったんだが、さすがに今じゃ MPI じゃないと駄目だろ 最近使わせられてる MacOSX もサポートしててヘテロな環境もオッケー。 fink にも ports にもあって、こりゃ楽しめそうかと思ったら、 fink/ports のは major version で古いし、うっかり package に頼れば
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case sensitive
某IBMのC++コンパイラ、 C++ と C で実行コマンドが違うのはよくある話だが、こいつはコマンド名が xlC と xlc で挙動を切り替えている。 それはまぁありそうな話なのでなんとも思わなかったんだが、今日になって急に気が付いた。このファイルシステム case insensitive だから xlC と xlc の区別ないじゃん。 調べてみると bin ディレクトリには xlc しかない。
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2003年9月30日(火)
tgif
今頃 tgif で特殊文字の出し方を知る。 出す方法があるだろうとは思ったが、エスケープかぁ… って言うか、未だに tgif かょ＞俺 参照: Tgif
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2003年9月19日(金)
出張
うおっ、もう明日は学会じゃないか まぁ、俺は発表しないからいいけど。 それにしてもつくばから東京まで下手すると３時間（ by うちのそばを通る高速バス）に対して、東京から岡山まで、のぞみを使えば３時間２０分ってのはどういうことよ 朝出て、午後のセッションに間に合うのはいいけど、密かに半日潰れてるなぁ
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2003年9月12日(金)
batch
ちょいとモンテカルロ計算で、喰わせるジオメトリをいくつかの値をパラメータに振ってジェネレートしながら batch(1) に実行を登録してあとは放っておくって方法論でいったら、あっさりとエラい量が登録されていて笑う。 atq(1) でこんだけ出るような使い方って at の作者も考えていたろうか…。OS 側の機能にシミュレーション側の機能を任せられるから便利だよな。 smp だから load av.
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2003年9月9日(火)
CERNLIB by XLFortran
なんとか頑張って実行できるバイナリまでたどり着けた。 debug option を明示しないと optimise option を debug option に重ねた挙げ句、-O4 でリンクしようとして２０分も呻吟したあげくに compile 失敗とか、 compile は通ったが実行できないとか、そんな「なんでそんな動作なんじゃ」なところを一つずつ潰して来たら、これで１週間も潰してしまった…。
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2003年9月3日(水)
らんらんらん♪
久しぶりで compiler と戯れる。 とある移植性の低い Fortran の粒子輸送コードを、作者のものとは違うコンパイラでコンパイルしていて、一見 compile は通るのだが、実行してみると微妙にファイルが読めない。 数字だけが読めないというので、いかにももうちょいというところだったのだが、なにせ凄いコードで、 debug する気になれないで放置していたのだ。 そんなところへ最近、 IBM
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2003年8月22日(金)
perl 知らない
とあるモンテカルロ計算のプログラムを、多重パラメータで入力ファイルを作って死ぬほどまわしまくるという kicker を perl で書く。 う〜ん、はじめはねぇ sh script + template + sed でやろうと思ってたんだが sh script の中で実数計算するのが面倒で……。 しかし、あれだな。こういう code とベタ文が混在してる仕事には確かに perl の方が楽だが、その
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2003年8月21日(木)
bibtex
bibtex で人名に Jr. を含めようとしてハマる。 bib file の author エントリには、ふつー一人分の姓名を first last と区切りを入れずに書くんだがこれだとどうも最後のが lastname で残りは全部 first 扱いになるらしい。 答えは、カンマ区切りを使って last, Jr., first と書く、らしい。うーむ、 bst file を見ると von のフィ
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2003年8月19日(火)
大量破壊ジョブ
某所のスパコンで、巨大な中間ファイルを作成しようとして filesystem full 出して自分は死んで、filesystem を full にする中間ファイルを後に遺して他のジョブが軒並み中間ファイル作れなくて全滅して、次の日オペレータが気付くまでキューがすっからかんになるようなジョブを投入すること数度。慌てたオペレータが別 filesytem 上に隔離領域を作ってくれた。
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久しぶりで論文をコピー
最近だと、論文は web で検索して pdf で down load して印刷というのばっかだったので、製本された論文誌を探してコピー機でコピーするなんて久しぶりだ． しかし職場の図書館め、人民日報なんてとってたのか…。
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2003年7月24日(木)
とある計算機
会計検査で利用率が低いと怒られたそうで、（利用率を稼ぐために）用もないジョブが死ぬほど突っ込んである。 ……おーい、 time sharing じゃないんだから今のジョブが終了するまでキューの次のジョブは、優先度が高かろうが計算時間が短かろうが実行されないんだから全部のキューに突っ込むのヤメれ(-ー;;;;;; 俺が今から投入しても明日にならなきゃ実行されないじゃないかっ。いくら計算速度が速くても
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2003年7月12日(土)
プレゼン
例によってプロジェクタで発表だと持ち込んだノート PC との接続でトラブる人というのが必ず出てくる。 VGA なんてややこしいのを使うからじゃなかろか。USB デバイスでがちょんと安直につないでそのまま使えるようにならんかのぅ？ よく考えれば画像出力だけなんだから ether でつないで http で流すとか既存の技術でなんとかやれたりしないだろうか？
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2003年7月11日(金)
出張
５時起きですき家で牛丼喰い（つーか時間切れで喰いきれず）、６時のバスに乗って９時の新幹線で岡崎へ。 岡崎が何県か知らない、関東以西の地理が判ってない俺。 豊橋で乗り換えのついでにメシ喰おうとしたら、死ぬほど暑いですよっ マジかよ…とか思いつつ名鉄に乗っていて、ふと自分の降りる駅はなんだっけと思い付いた時にはとっくにその駅は過ぎていましたよっ っつーか、一番問題だったのは、気が付いてから乗ってた電車
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2003年7月7日(月)
実験失敗
夜中に測定を仕掛けて、朝早起きして戻って来見てみると温度コントローラが暴走して、途中から測定が失敗していた……。 幸か不幸か、別の温度コントローラが出てきたんだが、そいつは測定プログラムの方からコントロールできなくて、プログラムしての連続測定ができない。つまり、寝ずの番をしながら測定を止めては手動で温度を変えて安定するのを見張ってやらなきゃならないわけだ……。 珍しく実験したと思えばいきなりこれか
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2003年7月3日(木)
某 gaussian98 on 某スパコン
どうにも動かないんで調べさせたら、どうもマルチプロセッサに振り分けようって当たりで刺さってるらしい。とりあえず recompile してみるよ、とのことだったのだが、 compile に二日、さらにスケジュールの都合とやらで来週になるとのこと。 うーん、さすがスパコン、「とりあえず recompile 」するだけでもこの騒ぎか…。
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2003年6月10日(火)
ひょんなことから
Gaussian98 なんて手に入れましたよ。 はて？何を計算するかな？
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2003年6月3日(火)
やったらうまくいったよ。あたしの言うこと聞いてちゃんと動いたよ。暴走なんてしなかったよ（古 やれやれ、これしきのことでもここまでまじめに計算してやらないといかんとは…。
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