#include FILE_FOO のようにして、インクルードするファイル名を文字列にしておいて、 cc のオプションの方に -DFILE_FOO=\"foo1.h\" などと追加して、読み込むファイルをスイッチする、というのをよくやっている。 C++ で、実装がわのクラスを差し替えるのに便利。
今までこれでコケたコンパイラなんてなかったのに、 nvcc だとこの解釈に失敗することが判明。がっでむ。